随着时间的发展，灵隐寺也一直不断的遭受到破坏。现在大家看到的灵隐寺是在清朝的基础上重新修建的。灵隐寺的布局和大多数江南的寺院相仿，主要的建筑都位于寺院的中轴线上。灵隐寺的主要建筑有天王殿、大雄宝殿、药师殿。康熙帝南巡至灵隐寺的时候曾经为天王殿题匾“云林禅寺”，匾额至今还悬挂在天王殿上。大雄宝殿的正中央有一座释迦牟尼的坐像，高达24.8米，器宇轩昂，慈眉善目，俯瞰着前来拜访的众生。药师殿中供奉着药师佛像、日光天子和月光天子，还陈列着众多的文物。