天后行宫始建于清嘉庆年间，那时候烟台的海运兴盛，临海的福建、厦门的地方的商人都纷纷去烟台做生意，并且在烟台较为繁华的商业中心区建了一座福建会馆，会馆中供奉着妈祖，因为这座妈祖庙，是从湄洲祖庙分灵过去的，所以就称为“天后行宫”。