昙华寺中院是整个寺院的中枢部分，整个院落由古滇联苑、木兰园、花廊水池等小院落组成，在古滇联苑中有着云南历代名人的著名对联，在木兰园内则是流水潺潺，还有一个放着着各种鱼类的莲池，木兰园的北面有两层四角亭、花廊、亭台水榭等，与周边的花草数目融为一体，浑然天成。在中院里还有为了纪念钱南园先生的纪念廊。