柏林动物园的水族馆，建成于1913年，当时水族馆将淡水动物和盐水动物隔离饲养的管理方法被公认是比较科学的。而今，柏林动物园水族馆流露出历史的气息，在这里成功繁殖过水母等多种难以繁殖的水生动物，展出的动物数量也相当惊人。水族馆中还有两栖爬行动物和无脊动物等一同展出。