巴拉格宗集雪山、峡谷、冰川、河流、高原湖泊、原始森林于一体。区内较高海拔巴拉格宗雪山是香格里拉县的高峰，海拔较低点是与四川省接壤处的水庄，河谷平均海拔约2650米，年平均温度约14.8摄氏度，属北亚热带气候。