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东京市区的轨道交通，大体分为4种：JR铁路，METRO地铁，都营地铁，私铁。
JR铁路是日本最古老也最长的国营铁路，从东京市区一直通往东日本各大城市，大多数是在地面上。如JR山手线，JR中央线，JR舞滨线。
METRO(9条)和都营地铁(4条)是东京的地铁系统，设施更好一些，基本都是在地下。如日比谷线，银座线，大江户线，新宿线。
私铁顾名思义就是私人铁路，和上面几家公司又有不同，有地上也有地下的。如百合海鸥线，京王井之头线，东急东横线。
不同公司的地铁系统，换乘都需要重新出入站。进站时需在对应公司的自动购票机上买票方可入站，如果嫌麻烦可以购买SUICA或者PASMO卡，有这2张卡，以上所有地铁都可以自由刷卡出入，不用另外买票。

如果希望能有一定优惠的，可以参考购买以下优惠票：
A. JR的优惠票：JR PASS（需在国内JR办事处，或者国内旅行社以及网上先买好换票证才能在日本JR窗口换取JR PASS，日本机场可能也有售）
B. METRO地铁的优惠票：METRO一日票(各站内有售)，METRO二日票（仅机场有售，供国外游客凭护照购买）
C. METRO和都营地铁的联合优惠票：东京地铁(tokyo subway tickets)一日票，二日票，三日票（全部都只有在机场有售，供国外游客凭护照购买）
D. 私铁百合海鸥线的优惠票：百合海鸥一日乘车券。
E. 其他还有东京自由车票和东京市区内通票，可售网点不多。

东京的交通卡主要分为两大类：第一种是充值卡，类似北京的交通卡和香港的八达通卡，可以在公交、地铁、JR、便利店等处使用，使用范围广但没有折扣。这种卡的代表是suica卡（俗称西瓜卡）和pasmo卡，使用时间不够久退卡时会有手续费，当然也可以带回国接力使用；西瓜卡机场和车站各个售票机可以买，人工窗口也可以购买，最小面值1000日元含500押金，离日时退换，如果有余额会扣除220日元手续费，一般其他卡也可以替代西瓜卡
第二种是通票类卡，可以在指定的一种交通工具一定时间内不限次使用，比如都营地铁（metro）和营团地铁的一日或多日通票，JR pass等都是这一类。
由于东京的交通系统由三家组成JR、都营和营团地铁，其实需要混合搭配搭乘，如果买了其中一家的通票反而会为了使用通票而需要多花时间绕路等等，并不划算。我建议临场买票或买充值卡较为方便，毕竟出国旅游时间成本还是相当重要的。
metro地铁有一日券，记得是710，这个就可以用全天了，不限次数，不过只能用metro家的地铁。metro的地铁如果不去太郊区的地方完全ok的~还有几种类似1日券的东西，是metro和都营地下铁或者JR的线路加在一起的1日券，价格随着适用范围的增大而升高，你就视情况而定吧。我在东京的时候，用了2天1日券。